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許多常見的實驗和檢測需要研究人員首先準確計算細胞的數量或密度。這些操作包括簡單的細胞培養維護（如細胞傳代）以及定量實驗（如qPCR）。細胞計數可以通過多種方法完成，本文將全面介紹這些方法及其優缺點。
使用時，首先用70%酒精和鏡頭紙清潔計數器，然后將蓋玻片輕輕放置在計數板上。如果正確放置蓋玻片，可以觀察到牛頓環現象（同心環狀的彩色圖案）。用移液器取一小部分細胞懸液，將移液器放在計數板邊緣，讓懸液通過毛細作用流入計數室。如果需要檢測細胞活性，應在加入計數室前將臺盼藍以1:1比例混入細胞懸液中。
是專門用于獲取準確細胞計數的方法，計數板上有特殊的網格。通常，大方格為1毫米×1毫米，并被進一步分為0.05毫米×0.05毫米的小格子。計數室的邊緣設計為將蓋玻片固定在標記網格上方0.1毫米處，從而形成已知體積的區域。
顯微鏡聚焦到計數室的一個區域后，使用計數儀對細胞進行計數。通常采用1平方毫米（100納升）的區域，并使用4倍或10倍物鏡計數，但具體選擇取決于細胞大小和懸液中的密度。此過程通常會在四個不同的1平方毫米區域重復，結果取平均值。如果檢測細胞活性，應分別計數活細胞和死細胞，其中由于膜受損，死細胞被臺盼藍染色為藍色。
優缺點
手動計數是的方法，但也是最耗時且繁瑣的。由于人為誤差，特別是連續進行多次計數時，可靠性較低。此外，頻繁計數還可能導致眼部疲勞。
如果實驗室只需偶爾計數，并且不需要高精度，那么血細胞計數儀是一個不錯的選擇。但在需要頻繁計數、提高精度或高通量應用時，這種方法顯得不足。此外，手動計數難以區分懸液中不同類型的細胞，除非細胞類型在大小或形狀上有顯著差異。
自動細胞計數儀是手動計數的快速、簡便且自動化的替代方案。它們基于與血細胞計數儀相同的原理，通過在已知區域內多次計數細胞并取平均值來完成操作。這些設備也能通過臺盼藍等染料排除法區分活細胞和死細胞。自動細胞計數儀可以是獨立設備，也可以連接到計算機使用。大多數計數儀除了提供細胞計數外，還能統計細胞大小等信息。
熒光細胞計數儀（例如 Luna-FL™ 雙熒光細胞計數儀）可區分活細胞和死細胞，并使用常見的染色劑（例如吖啶橙和碘化丙啶）進行細胞計數。這些類型的細胞計數儀在計數可能被非細胞碎片（例如原代細胞）污染的培養物中的細胞方面也表現出色，因為染料可以清楚地區分細胞。
優缺點
自動計數儀適合通用的細胞計數和活性檢測。它操作簡單、成本較低，大大減少了手動計數的勞動量。
自動計數儀精確可靠，但在計數形狀不規則、非常小、懸液極為稀薄或包含多種需要區分的細胞時可能存在挑戰。對于大多數細胞類型和應用，自動計數儀提供了高效的計數性能。
Coulter計數儀并非光學儀器，而是通過測量微通道的電阻變化來計數細胞。細胞的電阻高于懸液電解質溶液，當細胞通過通道時會短暫增加電阻，這一變化隨細胞大小增加而增大。Coulter計數儀的操作類似于自動計數儀，但使用前需先運行空白測試，并在使用后進行設備沖洗。
優缺點
Coulter計數儀速度快，能準確計數不同大小的細胞，因此常用于醫院的血細胞計數。
然而，它無法區分活細胞和死細胞，也無法準確計數形成團簇的細胞。此外，其維護要求較高。
流式細胞儀通常用于更詳細的細胞分析，配備熒光檢測技術，可檢測標記的細胞內成分。并非所有流式細胞儀都能進行細胞計數，但具備體積測量功能的流式細胞儀可提供高度準確的細胞計數，并可通過熒光標記的抗體區分細胞類型。
優缺點
流式細胞儀功能強大，但價格昂貴，通常在$40,000至$100,000以上，因此很少用于常規細胞計數。
光譜測定偶爾用于估算細胞密度。由于細胞具有渾濁性，隨著細胞密度增加，透過比色皿的光線減少。然而，由于光譜儀并未直接計數細胞，僅測量吸光度，并且懸液中其他變量可能影響吸光度，因此這種方法并不可靠。
培養法是另一種計數方法，僅適用于形成菌落的細胞（如細菌）。細胞懸液經過稀釋并劃線至培養皿后，計數菌落數目以計算原始懸液的細胞密度。但由于需要等待菌落生長，培養法是最慢的方法。
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